Les Verts remontent aussitôt après une année de purgatoire. À noter, qu'ils sont accompagnés par un club qui ne redescendra qu'à l'issue de la saison 2006-2007 : le FC Nantes. Dès l'année suivante (1964), L'ASSE remportent son second titre de champion de France en étant promu ! Bizarrement, c'est Nantes qui sera champion les 2 années suivantes, débutant ainsi une longue et belle rivalité entre les deux clubs.
Entre 1967 et 1970, les Verts gagnent le Championnat tous les ans et remportent aussi deux Coupes de France (1968 et 1970). La belle série sera interrompue en 1971 après l'affaire Carnus-Bosquier. Ces 2 internationaux stéphanois s'étaient engagés, avant le fin de la saison, et pour la saison suivante, avec l'OM qui luttait avec l'ASSE pour le titre. Ce n'était pas du tout l'usage à l'époque même, si le nouveau contrat à temps changeait la donne. Cette affaire fit scandale et donna lieu a une joute médiatique épique entre, le fantasque président marseillais Marcel Leclerc et son homologue stéphanois Roger Rocher. Finalement, celui-ci décida la mise l'écart des 2 joueurs, contre l'avis de l'entraineur Albert Batteux. Résultat, L'OM coiffait l'ASSE sur le fil, la privant ainsi de son 5e titre consécutif. Carnus et Bosquier furent encore champions l'année suivante avec l'OM, pendant qu'Albert Batteux désabusé quittait le club et laissait sa place à un jeune entraineur qui arrêtait sa carrière de joueur pour la bonne cause et qui allait devenir un personnage emblématique du club, Robert Herbin. Une nouvelle page de l'histoire du club s'ouvrait, la plus belle sans doute.